Vào thời nhà lê, vùng đất xã Thiệu Vân ngày nay thuộc tổng Đại Bối, huyện Đông Sơn, phủ Thiệu Thiên. Đến triều Gia Long, phủ Thiệu Thiên được đổi làm phủ Thiệu Hóa. Năm 1900, hai tổng Vận Quy và Đại Bối của huyện Đông Sơn được chuyển vào huyện Thuỵ Nguyên, cùng phủ Thiệu Hóa.

Sau Cách mạng Tháng Tám, huyện Thiệu Hóa được thành lập, xã Thiệu Vân thuộc huyện Thiệu Hóa.

Năm 1977, cùng với các xã hữu ngạn Sông Chu thuộc huyện Thiệu Hóa, xã Thiệu Vân được sáp nhập với huyện Đông Sơn thành huyện Đông Thiệu. Năm 1982 huyện Đông Thiệu đổi lại là huyện Đông Sơn, xã Thiệu Vân thuộc huyện Đông Sơn. Năm 1996, huyện Thiệu Hóa mới tái lập lại, xã Thiệu Vân trở lại huyện Thiệu Hóa.

Ngày 29 tháng 02 năm 2012, xã Thiệu Vân được chuyển từ huyện Thiệu Hóa về thành phố Thanh Hóa theo “Nghị quyết số 05/NQ-CP của Chính phủ về việc điều chỉnh địa giới hành chính các huyện Hoằng Hóa, Thiệu Hóa, Đông Sơn và Quảng Xương để mở rộng địa giới hành chính thành phố Thanh Hóa và thành lập các phường thuộc thành phố Thanh Hóa, tỉnh Thanh Hóa” 

Xã Thiệu Vân gồm các làng:

Theo Ban nghiên cứu và biên soạn lịch sử Thanh Hoá. Tên làng xã Thanh Hoá, tập I. Nhà xuất bản Thanh Hoá, 2000.

-       Làng Vân Tập: từ đầu thế kỉ 19 đến trước năm 1945 là Vân Liễu, thuộc tổng Đại Bối.

-       Làng Hiền Lâm: từ đầu thế kỷ 19 đến trước năm 1945 là thôn Phúc Lâm và thôn Chuyên thuộc tổng Đại Bối. Sau năm 1945 sáp nhập thành làng Hiền Lâm;

-       Làng Cổ Ninh: Đầu thế kỷ 19 là trang Cổ Ninh;

-       Làng Phúc Hòa: Trước đây là làng Cầu Cài;

-       Làng Đại Lý: Tên gọi từ đầu thế kỉ 19;

-       Xóm 8 Đồng Me: mới thành lập, sau đổi thành làng Đồng Me.

-       Xã Thiệu Vân thuộc đơn vị hành chính loại 3, xã gồm có 06 làng, chia thành 08 thôn, thôn 1, thôn 2, thôn 3 thuộc làng Vân tập; thôn 4 thuộc làng Hiền Lâm; thôn 5 thuộc làng Cổ Ninh; thôn 6 thuộc làng Phúc Hòa; thôn 7 thuộc làng Đại Lý; thôn 8 thuộc làng Đồng me.

-  Ngày 10/10/2018, Đảng ủy – HĐND – UBND – UBMTTQ  xã Thiệu Vân tổ chức Lễ công bố thực hiện Quyết định số 3110/QĐ-UBND ngày 17/8/2018 của Chủ tịch UBND tỉnh về việc đổi tên, chuyển thôn thành khu phố, sáp nhập để thành lập thôn, tổ dân phố tại xã, phường, thị trấn thuộc các huyện, thị xã, thành phố trên địa bàn tỉnh; theo đó thôn 5 và thôn 6 xã Thiệu Vân sáp nhập thành thôn 5; thôn 7 và thôn 8 sáp nhập thành thôn 6. Sau khi sáp nhập xã gồm 06 thôn và có tên gọi như sau: (Thôn 1,  Thôn 2, Thôn 3, Thôn 4, Thôn 5, Thôn 6).

         2.   VỀ VĂN HÓA:

         a.   Di chỉ khảo cổ học

Di chỉ Cồn Chân Tiên tại xã Thiệu Vân, huyện Thiệu Hoá, tỉnh Thanh Hoá. Phát hiện 1981. Có 1 tầng văn hoá độ sâu nhất trong 3 hố đào là 0,70m. Hiện vật thu được: đồ đá gồm rìu mài 45 chiếc, phác vật rìu 133 chiếc và 443 mảnh tước. Đồ gốm gồm các loại nồi, nồi đựng có chân, hòn kê (chân giò), chân gốm, loại hình ống như chân mâm bồng, bàn xoa gốm. Các đồ án và văn trang trí trên gốm khá đa dạng. Thuộc văn hoá khảo cổ học Phùng Nguyên.

-       Di chỉ Cồn Dà:

Di chỉ khảo cổ học được phát hiện năm 1973, trên doi đất cao giữa cánh đồng thôn Cổ Bi, xã Thiệu Vân, huyện Thiệu Hoá, tỉnh Thanh Hoá. Tầng văn hoá 0,60 m đến 0,80 m. Tìm thấy nhiều đồ đồng; thuộc văn hoá khảo cổ học Đông Sơn.